Nació en la ciudad de Aguascalientes el 19 de septiembre de 1868, realizó sus estudios en la Escuela Nacional Preparatoria y posteriormente en la Escuela de Jurisprudencia donde obtuvo el título de abogado en 1881. En 1896, fundó la cátedra de psicología en la Escuela Nacional Preparatoria. Condujo esta cátedra hasta 1916. En 1894 propuso una reforma al plan de estudios   de la Escuela Nacional Preparatoria y participó en la creación de instituciones como la Universidad Nacional, la Escuela de Altos Estudios y la Escuela Internacional de Arqueología y Etnología Americanas. De su obra destacan Resumen de lógica de John Stuart mil (1897), síntesis de los principios de moral de Spencer 1898), Siete ensayos filosóficos sobre Dios, El Universo y la Libertad así como La educación Nacional en 1901, en México: su evolución cultural. ¿De dónde venimos y a dónde vamos? fue la última que escribió.

De agosto a diciembre de 1904 fue director de Escuela Nacional Preparatoria; también fungió como Secretario de Educación Pública y Bellas Artes, teniendo a su cargo la dirección del Boletín de Instrucción Pública y Bellas Artes haciendo mancuerna con Justo Sierra. En 1913 fue director de la Escuela de Altos. Estudio y fue rector de la Universidad Nacional de 1913 a 1914 y de 1923 a 1924. Formó parte de la Academia Mexicana de la Lengua, de la Academia de historia y fue miembro fundador del Colegio Nacional. Con el regreso de Venustiano Carranza a México se exilia voluntariamente a los Estados Unidos donde imparte cursos en universidades de California, Cincinnati y Los Ángeles, y también atiende otros cursos por invitación en Madrid.

Regresa a México en 1917 y para 1918 vuelve al quehacer pedagógico y ocupa sus cátedras en la Preparatoria, en la Escuela de Jurisprudencia, así como en la Escuela de Altos Estudios; para 1921 ocuparía la dirección de la ENP para más tarde fungir nuevamente como director de la Escuela de Altos Estudios.

De 1930 a 1934 fue miembro de la comisión consultiva de la Secretaría de Educación Pública. Renunció a dicha membresía al percatarse de que la tendencia educativa se encaminaba a establecer el socialismo Marxista. Además, renunció al cargo de consejero universitario al enterarse por conducto del rector, Fernando  Ocaranza, que el presidente Cárdenas había tomado la decisión de suprimir la libertad de cátedra y la autonomía universitaria recientemente obtenida.

El 17 de junio de 1941, El Consejo Universitario le concedió la medalla de oro por 50 años de magisterio y lo designa Profesor Emérito. Este egregio mexicano murió en la Ciudad de México el 2 de diciembre de 1946. Actualmente se le considera un insigne educador mexicano, llevando su nombre el plantel 7 de la Escuela Nacional Preparatoria.